PPM的包管理真烂

确切地说，不是ppm烂，而是bioperl.org不地道。http://bioperl.org/DIST/ 的包跟package.xml不同步(/DIST/下面只有bioperl-1.5.2_102，而package.xml里的bioperl-1.5.2_100在/DIST/old_releases里，而/DIST/RC则是空空如也)，而按照官方的Windows安装指南，根本就是缘木求鱼。

在维护者修订错误之前，也只能手动安装了。把/DIST/old_releases里的bioperl-1.5.2_100.ppm.tar.gz下载到一个目录，然后拷贝/DIST/package.xml里的这一段：

<softpkg name="bioperl" version="1.5.2_100" date="2006-12-6">
    <title>bioperl</title>
.
.
.
.
</softpkg>

然后，加上第一行：

<?xml version="1.0" encoding="UTF-8"?>

在同一个目录里另存为bioperl-1.5.2.ppd。
按照Windows的安装指南里配置bioperl的repo，然后安装Bundle-bioperl-core，这些依赖都满足后，则可以继续手动安装了。

打开cmd.exe，进入下载的目录，运行ppm-shell。

ppm> repo add ./ blablabla

这时会更新repo。

ppm> install bioperl-1.5.2.ppd
Unpacking bioperl-1.5.2_100...done
Generating HTML for bioperl-1.5.2_100...done
Updating files in site area...done
1706 files installed

这样就OK了。

参考：如何安装本地PPM(注意，其中某些PPM参数已过时。)